El Archipiélago es famoso por albergar especies animales únicas en el universo. Una de ellas y probablemente la más conocida es la tortuga gigante llamada Galápagos, que habita en siete islas. Su promedio de vida es superior a los 150 años. La iguana marina es también de suma importancia, por constituir el único reptil adaptado a la vida del mar. Las iguanas terrestres, lagartijas de lava, salamanquesas y culebras inofensivas son otros reptiles de poca longitud. El gran número y variedad de aves constituyen asimismo un gran interés para científicos y turistas. Alrededor de 56 variedades habitan el archipiélago, de las cuales cerca de 27 se encuentran sólo en Galápagos y algunas son endémicas de una sola isla. Se destacan los pingüinos que viven en las costas más frías, los pinzones de Darwin, fragatas, albatros, gaviotas, piqueros, pelícanos y gavilanes, entre otros. El cormorán no volador, singular pájaro que ha perdido su capacidad de volar, conforma igualmente parte de esta rica fauna. Los mamíferos, en cambio, constituyen pocas especies. Entre los más conocidos están las ballenas, delfines y lobos marinos.